Con la nueva actualización de Halloween, Pokkén Tournament ha introducido un jefe final muy especial: Dark Mewtwo. Dark Mewtwo megaevoluciona nada más comenzar el combate en Mega Mewtwo X, usando ataques a distancia muy poderosos como Bola Sombra o Esfera Aural. Además tiene 1000 PS, no usa Pokémon de Ayuda y al usar el Burst adquiere un aura oscura que aumenta su poder.
Dark Mewtwo tiene una misteriosa entrenadora sin nombre. Al iniciar la batalla hay un pequeńo diálogo con ella: "Esa resonancia que noté hace poco... así que érais vosotros" a lo que tu personaje contesta "Algo negro... ¿un Pokémon oscuro?. Posteriormente dices "Ese Mewtwo... no puedo leer su fuerza. Primero probemos como siempre." y durante la batalla te preguntas "Esa mujer... ¿es una Entrenadora Pokémon?" Al ganarle, dices "Me pregunto si éste será realmente Mewtwo."
Finalmente, Dark Mewtwo viene acompańado de un escenario propio y música de jefe final, así como su propia introducción. Se desconoce aún si este personaje será jugable en el arcade o si llegará a WiiU.
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