Es simplemente otro clon de Mew pero llevado acabo por el nuevo Equipo de villanos.
Ahora habra un Mewtwo creado por el Team Rocket; y otro Mewtwo creado por el nuevo Equipo.
La historia de la peli quedaría así:
- Como Mewtwo le salió un poco "rebelde" a Giovanni (inestabilidad psicológica), el nuevo Equipo de villanos decide crear otro clon, pero ahora mejorado.
- El nuevo clon creado será muy poderoso (más que Mewtwo según su líder) y hará caso en todo a sus creadores.
- Mewtwo entrará en escena para proteger a Ash y sus amigos de los Genesects, también creados por el nuevo Equipo de villanos, dándoles una soberana paliza.
- Entonces será cuando aparezca el nuevo clon, que siendo también muy poderoso estará a punto de aniquilar a Mewtwo.
- Pero gracias a Ash, que conseguirá entrar en lo más profundo del corazón de Mewtwo, éste encontrará en el amor/amistad un nuevo poder (recordando al nuevo método de amistad implantado en XY), alcanzando Mewtwo su máximo poder (hasta ahora oculto), acabando con la amenaza del nuevo clon y demostrando que Mewtwo sigue siendo el Pokemon más poderoso jamás existido. Arceus no cuenta, es un Dios
.