Es lo que tiene Pokémon... A veces estamos casi obligados a utilizar movimientos de dudosa fiabilidad mientras no haya un mejor reemplazo. En el caso de Amphy, Onda Certera no es más que un movimiento de relleno que, de entre todos los posibles, es el que más le aporta. Otros movimientos de relleno como Doble Rayo son más específicos. La cuestión es que con sus dos STABs cubres muchísimas cosas, mientras que Onda Certera lo vas a tirar contra cosas como Ferrothorn que no te deberían de poder ganar generalmente o Excadrill, contra el cual fallar ya sí que supone un problema. Pokémon como Heatran, dependiendo del Set y de tu equipo, puedes preferir tirar Rayo en lugar de Onda Certera (por ejemplo, en el equipo de Eeeveeto, si le pasas una Maquinación puedes asegurar el 2HKO con Rayo en lugar de jugártela).
Sobre Rayo o Descarga, el segundo es bastante viable y, en ocasiones, te saldrá más rentable ya que Ampharos (y, sobretodo, su Mega) no son capaces de superar a todo el Meta tras una Agilidad. Entonces si logras paralizar, puedes quizá sobrevivir el primer golpe que te den y al segundo adelantar a tu rival, todo suponiendo que el 2HKO lo des con cualquiera de los 2 ataques. De todos modos, por regla general se prefiere la potencia superior de Rayo para no arriesgar a perder posibles KOs.