Cuando me refiero al trío de Hoenn me refiero a Groudon, Kyogre y Rayquaza, que sí son un trío, y también son de Hoenn. Que estén los golem no quiere decir nada; son otro trío a parte.
Que tengan género no quiere decir que dejen de ser legendarios; y además, podrás ver que ningún pokémon relevante tiene género. Por relevantes me refiero a:
Mew
Ho-oh, Lugia
Groudon, Kyogre, Rayquaza
Dialga, Palkia, Giratina, Arceus
Uxie, Mesprit, Azelf
Estos son los pokémon que más importancia tienen en la "creación" del Mundo Pokémon, porque son los que le dieron forma a todo (especies, ciclo día-noche, tierra, mar y aire/atmósfera, tiempo-espacio y antimateria, el Universo en sí mismo, los sentimientos, inteligencia y voluntad a los seres vivos, y todo eso). El resto de legendarios, no son muy relevantes en la creación del mundo. Otra cosa es que el anime muestre crías de Lugia, pero bueno, es el anime, no la saga principal.
De todas formas, que tengan género se debe principalmente a su aspecto; es decir:
El trío de genios tiene aspecto masculino; y por eso se lo pusieron.
Heatran puede ser tanto macho como hembra, y es legendario por el simple hecho de que, oficialmente, un pokémon legendario no tiene por qué ser "divino"; con ser muy raro de ver basta.
Lo de Manaphy y Phione no sé explicarlo, pero supongo que es lo mismo que pasa con Heatran.
