A mi parecer, el anime no es de fiar.
Si por el anime fuera, habría noqueado mil Marowaks con Impactrueno.
En los videojuegos sólo se demuestra que hay varios Shaymin (MM), Entei (PokéDex) y Dialga/ Palkia/ Giratina (huevo de Arceus, aunque en Sinnoh ya existían y BR, Incógnito los usa), Regis, Cresselia, Regigigas, Heatran, y Zapdos (Frente Batalla), Lugia y Ho- Oh (Colosseum y XD), Jirachi y Celebi (Colosseum)...
Lo de Deoxys no recuerdo que Giovanni use a dos en su equipo en absoluto.
Pues sí que se repiten, a pesar de ser deidades algunos.
Pero por lo visto se libran Latias/os, Groudon, Kyogre, Rayquaza, Deoxys, Darkrai y Arceus.