En ORAS puedes conseguir todas las megapiedras, no hay exclusividades, por lo que la decisión entre X o Y importará en poco.
Un punto a favor de AS es que ahí se encuentra gastrodon-este, el cual no se podía conseguir desde DPP (porque si nacía en Teselia o Kalos siempre salía el oeste) y en mi opinión es visualmente más bonito.
Eso de Shellos/Gastrodon es cierto, sin embargo; un punto a favor de OR es la captura de Skrelp con Habilidad Oculta. Y francamente es un Pokémon muchos buscan cuando se enteran de lo que puede hacer.
El tema es que yo compré AS porque me gusta Zekrom más que Reshiram. Me gusta Dialga más que Palkia y Thundurus es más útil para mi que Tornadus xD
En cuestión de Groudon o Kyogre, creo que la habilidad de Groudon Primigenio es mejor que la de Kyogre.
Sobre XY, creo que al final la versión X resultó mejor por los Pokémon exclusivos que la versión Y
Al menos, en mi punto de vista; la habilidad y ciertos movimientos de Xerneas lo hacen mejor que Yveltal. Las megapiedras exclusivas se pueden obtener facilmente y al final tenerlas todas así que, yo no me fijaría mucho en ese detalle hehe.
Suerte con tu decisión ^^