Counters y Checks en OU Todo Pokémon que tenga una alta defensa especial pueden ser buenos Counters y Checks de Shaymin, Chansey es un buen Counters puede romper los posibles sustitutos de Shaymin, siempre y cuando Shaymin no lleve 252 EVs en HP, también puede envenenarlo o poner rocas, Sylveon también tiene una alta defensa especial y con Vozarrón le da 2HKO y puede curar el equipo o pasar deseos.
Los Pokémon de tipo Fuego son los Counters por excelencia de Shaymin, M-Charizard Y acaba con Shaymin de un Lanzallamas y este no puede hacer nada contra Charizard, Heatran también es un buen Counter de Shaymin, siempre y cuando no lleve Tierra Viva Shaymin. Victini si es Scarf adelanta a Shaymin en velocidad y con V de Fuego fríe a nuestro topillo de flores, Volcarona puede aprovechar para boostear su ataque especial y velocidad con danza aleteo y con Danza Llama le da 0HKO.
El abuso del Bird Spam también es una gran amenaza para Shaymin, Taloflame con su Acróbata o Pájaro Osado con prioridad acaba con él al igual que M-Pinsir con retribución (Con retribución le da 0HKO gracias a su habilidad, pero con ataque rápido necesita estar Boosteado si quiere darle 0HKO). Togekiss resiste su STAB de planta y con Onda Trueno + Tajo Aéreo acaba con Shaymin y el pájaro haxor con Vendaval le da 0HKO.
Pokémon Bulkys de tipo Planta también son buenos Counters de Shaymin. M-Venusaur resiste muy bien su STAB de planta, y con bomba lodo acaba con Shaymin, aunque debe de tener un poco de precaución por si lleva Psíquico, Ferro resiste también su STAB de planta y puede aprovechar para poner rocas en nuestro campo, sería Counter si Shaymin no llevara Poder Oculto Fuego, Celebi puede poner también Rocas, Recuperarse o usar paz mental, aunque debe de tener cuidado por si Shaymin lleva Tajo Aéreo.
Shaymin es débil al tipo bicho, por lo tanto también pueden ser buenos Counters y Checks, siempre y cuando Shaymin no lleve Poder Oculto de tipo Fuego, especialmente en el caso de Scizor que le golpea x4 o Tajo Aéreo en el caso de M-heracross.
En OU podemos encontrar más amenazas que counterean a Shaymin, entre ellas podemos destacar a Gengar que con Onda Tóxica le da OHKO (Si lleva Life Orb) y aguanta bien su STAB, pero debe de tener cuidado de que no lleve Psíquico, Latias y Latios también resisten su STAB y son inmunes a Tierra Viva gracias a su habilidad, Shaymin solo puede hacer algo contra ellos si lleva Brillo Mágico o Poder Oculto Hielo. Por su parte, Kyurem-B con su STAB de hielo frente al cual es débil Shaymin le da 0HKO con Rayo Hielo.
Counters y Checks en UU En UU podemos encontrarnos con más Counters y Checks de Shaymin, Blissey tiene un enorme HP y Defensa Especial lo que le permite aguantar bien Fogonazo, aunque tiene que tener cuidado de la bajada de defensa especial, Florge también cuenta con una defensa especial enorme y puede curar al equipo de estados alterados y pasar deseos. Goodra si tiene la habilidad Herbívoro neutraliza el STAB de planta y su elevada defensa especial + Chaleco asalto la convierten en una muralla especial muy difícil de tumbar, mientras Goodra con Lanzallamas acaba con Shaymin y Whimsicott también resiste su STAB de planta y puede encerrarlo en ese movimiento con Otra vez y empezar a colocar sustitutos o usar movimientos de apoyo para el equipo.
En UU podremos encontrarnos con unos de los mayores Counters por excelencia de Shaymin, no es otro que Rotom-H el cual resiste su STAB perfectamente y no teme Tierra Viva gracias a su habilidad, Moltres también es otro de sus mejores Counters resiste su STAB y con Lanzallamas o Llamarada golpea muy fuerte a Shaymin. Darmanitan con envíte ígneo acaba con Shaymin y suele superarle en velocidad gracias a la Scarf al igual que Entei que aguanta un tierra viva Y con Fuego Sagrado le da 0HKO.
En UU hay también peligrosos Pokémon voladores como M-Aerodactyl que es Check de Shaymin, con Golpe Aéreo + Habilidad le causa un daño importante, aunque Shaymin con Fogonazo también le golpea con fuerza. Tornadus con Vendaval también acaba con Shaymin. Fletchinder es un buen Revenge Killer gracias a su habilidad golpea con Prioridad con Acróbata o con Pájaro Osado.
En UU podemos encontrarnos con Roserade y Amoongus que resisten perfectamente su STAB de tipo planta, Roserade puede poner púas y púas tóxicas en el campo y con Bomba Lodo golpear fuertemente a Shaymin, y Amoongus puede entrar y salir cómodamente a recibir un Fogonazo ya que se recuperará con cada entrada al campo gracias a su habilidad. Tangrowth posee una buena defensa especial que puede ser incrementada con el chaleco asalto, con Bomba Lodo golpea a Shaymin eficazmente.
Pokémon de tipo bicho y veneno también son buenos Counters y Checks, Mega Beedrill con U-Turn o con Poison Jab potenciado por su habilidad + STAB le da 0HKO a Shaymin. Forretress también es un Counter siempre y cuando Shaymin no lleve Poder Oculto Fuego, Yanmega por su parte resiste perfectamente su STAB de planta y golpea fuertemente con Tajo Aéreo.
M-Abomasnow también es un buen counter en UU, con su habilidad nevada puede usar ventisca sin miedo a fallar y darle 0HKO a Shaymin, pero debe de tener cuidado de que no lleve Poder Oculto Fuego, Salamence puede aprovechar para boostear su ataque y velocidad con Danza Dragón y golpearle con Golpe Aéreo con STAB, también debe ser precavido de que no lleve Shaymin Poder Oculto Hielo o Brillo Mágico. Crobat también resiste su STAB y puede golpearle con Pájaro Osado o Veneno X, y Dragalge resiste muy bien su STAB y Tierra viva gracias a su elevada defensa especial aunque debe de tener cuidado de si ha entrado ante un Fogonazo y se ha visto reducida su Defensa Especial, y con Onda Tóxica + STAB + Habilidad le da 0HKO fácilmente a Shaymin.
Compañeros de Equipo en OU A Shaymin le molestan todo tipo de Entry Hazard, por lo que usuarios de Despejar o Giro Rápido pueden ser buenos compañeros, ya que mantienen el campo limpio para que Shaymin pueda entrar y salir cómodamente.
Los Pokémon de tipo Agua hacen muy buena sinergia con Shaymin, ya que cubren algunas de sus debilidades más importantes como el tipo Fuego o Hielo, y Shaymin los cubre de los ataques eléctricos y de planta.
Curiosamente, los Pokémon de tipo fuego son excelente compañeros para Shaymin, en especial Heatran que puede ser considerado uno de los mejores compañeros de Shaymin en OU, cubre todas las debilidades de Shaymin y viceversa. También M-Charizard Y y Victini hacen muy buena sinergia con él, pero no tanto como Heatran, Charizard Y puede ser envenenado al igual que Victini y este último es débil al Bird Spam.
También los Pokémon de tipo roca hacen buena sinergia con Shaymin ya que resisten también gran parte de las debilidades de Shaymin y viceversa, Diancie puede curar el equipo con Campana Cura, poner Rocas y sobretodo resiste muy bien el Bird Spam y acaba con ellos gracias a Tormenta de Diamantes, Tyranitar también resiste las debilidades de Shaymin aunque el tipo Bicho le molesta. Terrakion también puede ser buen compañero de Shaymin golpea eficazmente a la mayoría de sus Counters con Roca Afilada.