He estado leyendo post atrás lo que habéis comentado y yo creo que será un caso como Oro y Plata como ya habéis dicho, secuelas de XY pero siguiendo en Kalos (en el sur), realmente aunque se llamara Kalos sería una nueva región, con ciudades nuevas y gimnasios nuevos, además para meter Pokémon nuevos les basta con decir que esos Pokémon solo habitan en la zona sur y mezclarlos con los que ya aparecieron en XY (vendría a ser como en Johto que hay nuevos Pokémon mezclados con antiguos de Kanto en la mayoría de las rutas), aunque más que nada pienso esto porque dudo mucho que hayan creado formas de Zygarde y se hayan currado lo de los núcleos de Zygarde y demás para que solo aparezca en anime y película.
Bien podría ser también que no se llamara Kalos aunque fuera una región al lado de Kalos y se relacionara, pero yo casi descarto esto porque la descripción de Zygarde en la Pokédex deja muy claro que revela su poder secreto cuando el ecosistema de KALOS está en peligro, y esta descripción mencionando específicamente Kalos se mantiene hasta en Rubí Omega, si hicieran una nueva región que no tenga nada que ver con Kalos como justifican añadir ahí las formas de Zygarde? No tendría coherencia, así que si piensan usar a Zygarde en la trama de los nuevos juegos, la región tiene que ser Kalos