Hacen falta los tres juegos de Hoenn para completar la Pokédex Nacional en RF/VH, hay 1 poke exclusivo de Rubí, y otro de Zafiro, son Zangoose y Lunatone, esos no salen en Esmeralda. Manda narices que por un poke ya haga falta una edición en concreto.
Por cierto, en esta generación Lugia y Ho Oh son considerados Pokémon de evento, por lo tanto no son necesarios para conseguir el diploma de la Pokédex completa. Aunque con los juegos de Game Cube españoles se pueden conseguir a Lugia, Ho Oh y Jirachi, por lo que si te apetece completar un poquito más puedes intentar pillarlos.
Y vendrían muy bien esos juegos porque salen todos los starters de Johto, en Esmeralda sólo te dan a elegir uno de ellos cuando completas la Pokédex de Hoenn, y supongo que no tendrás muchas ganas de hacer tres partidas completando la Pokédex regional en cada una de ellas. Y también puedes conseguir a los tres perros legendarios, en RF/VH sólo te sale uno por partida, según el starter que haya elegido.
EDIT: Por cierto, ahora que me acuerdo, el Jirachi de Pokémon Channel sólo se podía transferir a un juego de Rubí/Zafiro en donde se haya derrotado al Alto Mando, no podías conectar a la GC el Esmeralda o el Rojo Fuego/Verde Hoja para descargarlo, por lo que lo tendrías que intercambiar después desde Rubí/Zafiro a la edición Rojo Fuego.