Nada que ver, la Mega-Evolución se produce mediante UNA unidad (Megapiedra) que reacciona a UNA unidad (Piedra Activadora). En este caso son varios Núcleos que actúan mediante una red y llaman a las Células cuando las requieren para que se unan. No le veo ninguna relación.
Sin embargo, existe UN solo tipo de piedra activadora, pero la variedad de mega-piedras es inmensa, habiendo unas 50 en la actualidad. Se pueden colocar en cualquier accesorio, pero solo existe una piedra activadora (o una forma de piedra activadora, para ser más exactos) que funciona como núcleo para todas las mega-piedras.
Además, también está confirmado que pueden existir diversos núcleos.
Obviamente, no puede funcionar con más de una por combate, ya que es cuestión de equilibrio en el metagame.