Según he visto en Bulbapedia, mis temores son ciertos: la ratio de captura de Rayquaza es de 45 en ORAS. Sin embargo, he tenido suerte con Deoxys ya que sigue siendo 3.
Edito (mil gracias a Pyro): Por contra, Groudon y Kyogre tienen ratios más bajos que en RZE, ya que antes eran 5 y en ORAS han pasado a ser 3.
Honestamente, yo no haría que capturar a los legendarios fuera imprescindible... le pondría ratio para que sea difícil conseguirlo y daría dos oportunidades: una en la historia y otra en el post-game, digamos después de pasarte por segunda vez la liga.