Counters y Checks Los Pokémon de tipo Siniestro son excelentes Counters de Deoxys, aunque deben de tener cuidado del Set que lleve ya que puede ser bastante impredecible. Por ejemplo Yveltal no teme nada de Deoxys excepto que lleve Rayo Hielo o Puño Hielo, aunque Yveltal se puede anticipar con Golpe Bajo y darle 0HKO excepto que lleve Banda Focus, al igual que Arceus-Dark que únicamente teme ataques de tipo Lucha y con Sentencia de tipo Siniestro le daría 0HKO. Tyranitar anula una posible Banda Focus con su Tormenta Arena y puede trapearle con Persecución, aunque debe de tener especial cuidado con un ataque de tipo Lucha.
Mega Kangaskhan también puede ser considerado Counter de Deoxys, con sorpresa rompe su Banda Focus y le da 0HKO con Golpe Bajo con prioridad. Ésta forma de Deoxys tiene más probabilidad de sobrevivir a una Sorpresa de M-Kangas al contrario que su forma ataque. Aunque Kangas debe de tener cuidado con Psicoataque que le haría bastante daño e incluso le puede dar KO si hay rocas puestas.
Los Pokémon de tipo Acero resisten a la perfección su STAB Psíquico y también sus ataques más comunes como Rayo Hielo o Bola Sombra. Aegislash resiste perfectamente todos sus ataques excepto Poder Oculto Fuego o Puño Fuego, pero Aegislash le puede dar 0HKO con Bola Sombra y rematarle con Sombra Vil. M-Mawile le puede pegar con prioridad con Golpe Bajo y darle también 0HKO.
Pokémon con la habilidad Espejo Mágico pueden ser Counters del primer Set, ya que rebotan todas las Hazard que intente poner Deoxys. Aparte M-Sableye es el mejor Counter que hay para Deoxys ya que es inmune a su STAB Psíquico y sus otros ataques tampoco le duelen especialmente y puede quemarle con Fuego Fatuo y recuperarse con Recuperación, también anula su Set Lead rebotando todas sus Hazard, únicamente si lleva Intercambio Deoxys podría hacer algo, pero es muuuuy raro de ver. Deoxys-D puede usar Capa Mágica para reflejar las Hazard.
Estos Pokémon pueden darle Revenge Kill a Deoxys, por ejemplo M-Scizor le puede hacer mucho daño con Puño Bala o 0HKO con Picadura + STAB + Bonus por habilidad. Arceus con Velocidad Extrema + Vidasfera le da 0HKO excepto que lleve Banda Focus. Rayquaza también le puede dar 0HKO aunque depende más de su naturaleza, objeto y EVs, pero debe cuidarse mucho de Rayo Hielo.
Usuarios de Pañuelo Elegido también pueden ser considerados Counters de Deoxys, por ejemplo Genesect le da 0HKO con Ida y vuelta excepto que lleve el Pañuelo Elegido. Xerneas también le da 0HKO con Fuerza Lunar. Shaymin-S también supera en velocidad a Deoxys con el Pañuelo y puede darle 0HKO con Tajo Aéreo y Fogonazo.
Defogger arruinan el trabajo de Deoxys poniendo Hazard y además ambas formas de Giratina le pueden hacer bastante daño con Sombra Vil que tiene prioridad, le puede dar incluso 0HKO con Sombra Vil, pero suele depender más de sus EVs y naturaleza.
Pokémon con ataques Multi Hit también pueden Chequear a Deoxys, rompen su Banda Focus y le pueden dar 0HKO con sus movimientos. Por ejemplo cloyster puede salir de lead y con Carámbano le rompe la Banda Focus, también puede evitar con Giro Rapido las Hazard que intente poner Deoxys. Pero no puede entrar en un cambio y todo eso con Banda Focus encima, claro. La idea es evitar las Hazards del Set Lead pero solo eso, hacer de anti-lead saliendo al mismo tiempo.