Magearna es un Pokémon legendario singular porque sólo es obtenible por evento (supuestamente Marshadow también).
Antes de analizar si los Tapus y entes son legendarios, primero habría que ver en que difieren los términos "legendario", "Tapu" y "Ultraente". En mi opinión, eso es sólo un título que se les da a pokemones "especiales" y como bien dicen, todos ellos aparecen en leyendas. Si consideramos eso se podría decir que todos ellos son 'legendarios'. No obstante, quiero analizar algunos puntos que suelen tomarse en consideración en este y otros debates similares.
"Los legendarios son únicos, pero los Ultraentes puede haber muchos en el Ultraumbral, sólo que pocos lo atravesaron": Los legendarios suelen ser únicos según el juego en que aparezcan, pero se ha visto que la gran mayoría se repiten en otras regiones (véase el trío de aves volando en Kalos, Mewtwo más de lo mismo, los perros corriendo en los remakes de Kanto, etc.). Además, se debe considerar el caso de Deoxys que viene del espacio, que podría considerarse un caso análogo al de los Ultraentes que vienen del Ultraespacio. Deoxys al igual que estos, también posee una gran probabilidad de que existan muchos más de su especie en otro mundo, y llendo más lejos, puede existir muchas otras especies en su mundo que a lo mejor, junto a él, son todos muy comunes allí y, con todo esto, aún es considerado un Pokémon Legendario.
"Las reglas de torneos, árbol, etc. (según tengo entendido) no permiten legendarios pero sí Tapus": En Kalos se permitía el uso de Aves, Trío de las Nubes, Regis en la mansión Batalla y combates por puntos, y son considerados legendarios (la verdad no tengo la certeza de si en combates por puntos se permitían pero sé que en la Mansión Batalla sí).
"Un legendario no puede criar": Es cierto que Manaphy puede criar Phiones y ambos son considerados legendarios, aunque se debe recalcar que con ciertas limitantes, quizás esto si es debatible, quiero decir hasta que punto es factible considerar el tema de la crianza en legendarios para tomarlo como argumento en un debate. En todo caso, el punto principal aquí es que la gran mayoría de Legendarios no pueden criar cosa que ocurre con Código-Cero/Silvally (Sin embargo Ditto tampoco puede criar y no es considerado Legendario, probablemente porque aparecen muchos repartidos en la hierba).
"Código Cero/Silvally no es legendario porque fue creado artificialmente": Mewtwo y Genesect también fueron creados artificialmente y nadie discute el hecho de llamarlos legendarios (aunque Mewtwo se sabe que fue engendrado por algún Mew pero luego fue modificado artificialmente). Sin embargo, Porygon también fue creado artificialmente pero este no es considerado legendario, probablemente porque puede criar y evolucionar, sin embargo vemos que Manaphy también puede criar (con ciertas limitantes), y en esta generación tenemos a Cosmog legendario con evoluciones.
En mi opinión, pienso que Código-Cero/Silvally debiera considerársele Legendario ya que cumple con la mayoría de características para serlo, además de que se puede tomar como referencia el hecho de que la misma Pokédex lo cataloga como especial. El problema de que se cuestione su naturaleza, según veo yo, viene del hecho de que lo posee un entrenador (Gladio) desde su primera aparición en el juego, pero probablemente no se pensaría lo mismo si hubiera aparecido dentro de una cueva por ejemplo.
En el caso del cuarteto de Tapus, son tan especiales como cualquier trío de legendarios, además de que son únicos, cumplen una función importantísima en la historia de su región y aparecen en la leyenda de Alola, sólo este último hecho les da el derecho de llamárseles "legendarios". Sin embargo, pienso que hace falta que Game Freak le de un nuevo aire al título que utiliza para catalogar a sus pokemones especiales, porque eso de "legendario", así como "Tapu" o "Ultraente" no deja de ser más que eso, un título (y a alguno de ellos ese título no les calza, como a Genesect o Deoxys que viene del espacio, sin leyenda ni nada) pero en el fondo todos ellos son pokemones "especiales".