Ahora que lo pienso...
Hype no habías dicho en alguna de tus teorias que Zygarde... dependiendo de si se enfrenta a Yvetal o a Xerneas, cambiaría de forma según la situación y aprendería mil flechas o mil temblores según el caso?
A mi se me ocurre, que acertaste en que son 2 formas de zygarde y el moquito verde es una de ellas, me explico:
Digamos que zygarde se enfrenta a Yvetal en su forma normal, Yveltal lo convierte en roca, pero de la roca "nace" un (o muchos ya que hay insectos que ponen miles de huevos) pokémon, un zygarde larva que es inmune a los poderes de Yvetal y que aprende mil flechas (cada larva tira una flecha (?)). simbolizando de muchas maneras que zygarde derroto a la muerte
En cambio si se enfrenta a Xerneas, este absorbe toda la energia del bosque y este envejece y crece colosalmente (como cierto amante de los Floettes), con lo que aprende mil temblores para derrotar a Xerneas, claro que dejando un bosque putrefacto a su alrededor y a un zygarde viejo y moribundo que tubo que usar toda la energía que robo de xerneas para derrotarlo.
Pues sí, es algo así, y de hecho, creo que has dado con la clave en un detalle que comenté en mi última teoría:
Es posible que no veamos un bichito de núcleo azul, solo los hay rojos. Tenemos que tener en cuenta que Game Freak suele mostrar preferencias por las formas "Y" a la hora de revelarlas antes (por ello, podríamos ver a este Pokémon verde en el siguiente especial de la mega-evolución como adelantado). Los "mil" bichitos pequeños podrían provenir de Yveltal, ya que sus núcleos rojos absorben energía o permiten en conjunto absorber energía de los demás. Por otra parte, el Pokémon colosal (como muy bien mencionas a A.Z.) sería el Pokémon que carga la energía de todos los ancestros, al que se le otorga toda la vida posible, o el cual es la propia fuente de energía a la que los bichitos pequeños deben enfrentarse.
El bichito se asusta del monstruo grande, y eso es por el gran contraste que hay entre lo que se supone un ser "microscópico" y otro ser "macroscópico". Tengo la idea de que los bichitos pequeños tengan alguna función interesante en el próximo juego, provocando "Mil Flechas" e incluso "Mil Tembores" al estar unidos a algo ajeno a Yveltal.
Además, las "megas X" siempre han sido un ejemplo de Pokémon robustos, poderosos y de físico destacable (Mega-Charizard X, Mega-Mewtwo X), mientras que las "megas Y" son más similares a intentos fallidos de clonación (feto de Mewtwo) o a Pokémon aerodinámicos y ligeros. (Mega-Charizard Y)