Yo pues, en el ingame usaría los que más me gustasen, aunque igual me gusta probar pokémon que no he usado mucho antes (en B/N lo rejugué y puse a Swanna, además servía para surfear y volar, aunque luego lo cambié por Lanturn, también usé un Krookodile).
Aunque siempre llevo una pauta, en mi equipo siempre tiene que ir:
Un tipo Planta: En X/Y escogí a Chespin, pero si quieres, puedes escoger a otro inicial y luego escoger a Bulbasaur, pero si no lo quieres, hay otras opciones, de pokémon nativos de Kalos está Skiddo (a Gogoat), Phantump (aunque se consigue muy tarde y para evolucionarlo tendrás que intercambiarlo) o Pumpkaboo (Ídem que el anterior, aunque no recomiendo mucho usar pokémon lentos o muy defensivos para la aventura, prefiero rapidez y poder). También se puede atrapar a Roselia que es una buena opción cuando es Roserade.
Un tipo Fuego: Puedes escoger a Fennekin o si no, a Charmander (Charizard tiene 2 megas y puede volar). También, de Kalos, está Fletchling (al evolucionar es tipo Fuego y puede aprender Vuelo, también ayuda para crianza), Litleo (a Pyroar, es bueno). También te recomendaría a Litwick, aunque se consigue algo tarde, pero tener a Chandelure vale la pena.
Un tipo Agua: Puedes escoger a Froakie, o si no, a Squirtle. Aunque de este tipo hay muchas opciones buenas: Clauncher (a Clawitzer), Binacle (a Barbaracle, aunque nunca lo usé y prefiero usar otros Agua), Skrelp (a Dragalge, aunque pierde el tipo Agua, puede surfear), etc, etc, etc. También se podría optar por Vaporeon (o usar otra Eeveelution igualmente), Ducklett (Swanna puede surfear y volar), Staryu (Starmie es veloz, golpea fuerte y tiene un amplio movepool como Rayo, Surf, Psíquico, etc), etc.
Un tipo Eléctrico: Por lo general, uso a Pikachu xD es mi favorito, pero puedes evolucionarlo a Raichu, si no, también puedes llevar a Dedenne (yo lo usé xd, aunque la mejor opción no es), Helioptile (Heliolisk es una excelente opción). También podrías llevar a Magnezone, pero prefiero a Pika o Heliolisk en mi opinión.
Un tipo Volador o algún Pokémon que aprenda Vuelo: Si no tengo un pokémon que pueda volar (a menos que tengo uno de los tipos anteriores que pueda volar, si no, llevo de algún otro tipo, normalmente llevo Dragón o Hada), un tipo Volador encaja bien acá. Hay varios y muy buenos, está Talonflame, Hawlucha, Vivillon (aunque no aprenda Vuelo), Noivern (Noibat es algo raro, se encuentra muy tarde además) o Yveltal si tienes Y (aunque no me guste usar legendarios). También hay otras opciones para volar como Golurk (evolución tardía sí), Pidgey (a Pidgeot, aunque prefiero llevar otro), Swanna, etc.
Un pokémon random que me guste: Normalmente tipo Dragón o Hada, aunque no es tan necesario de estos tipos, yo recomendaría a Mienfoo (aunque demora mucho en tener a Mienshao), Lucario (el que te dan con mega), Flabébé (buena opción), Honedge (otra buena opción), Pancham (otra buena opción) y muchísimos más.