A ver, comento por aquí.
Tengo dos consolas: 2DS sin actualizar (Juego en 1.1 y consola justo antes del que bloquea el xploit) y una N3DS actualizada a la última versión (Tanto consola como juego). Juego Rubí Omega.
Si estoy en la N3DS y dejo en la caja 1 un Scizor en el primer slot, si uso el powersaves y luego abro el save en PKHEX, me aparece todo normal.
Si cambio a la 2DS y cambio el Scizor por un Snorlax, al hacer el back up de la partida, en el PKHEX me aparece la partida anterior, osea el Scizor y no el Snorlax.
Como es normal, inyectar solo me deja en la 2DS pero usando el mismo juego, osea, no se actualiza el juego, se "actualiza" la consola porque al cambiarlo de consola, el juego vuelve a un parche anterior.