He pensado en el comentario de J-Zombie de "forma definitiva" y...
¿Y si cuando se disparó el arma definitiva, Rayquaza absorbió parte de su poder?
Si Groudon es la tierra y Kyogre el mar, Rayquaza representa a la capa de ozono, por lo que vio el uso de ese arma como una amenaza, e intentó absorber parte de su poder para que las consecuencias no llegaran a más, haciendo que lo de las muertes únicamente fueran de Kalos y no de las demás regiones.
Eso explicaría su relación con las Megapiedras, pues absorbió el poder que dio lugar a a ellas. Posteriormente cuando Kyogre-P y Groudon-P se pelearon, Rayquaza tuvo que recurrir a su poder oculto para calmarlos, lo que lleva a pensar, que sería una Mega (al explotar su capacidad gracias al arma definitiva) y no una regresión, pues Rayquaza siempre era el mismo. Así al "explotar" esa fuerza, se crearon las megapiedras en Hoenn.
¿Qué os parece?