Madre del amor hermoso, me dices que esa pregunta no te deja dormir y me lo creo y todo...
Vamos a ver, ¿queréis dejar que el juego llegue? Está bien fantasear con Megas y formas, ¿pero preocuparte porque el Pokerús no vaya a durar como en XY? En fin, mi respuesta es que lo del Pokerús es un cambio de mecánica positiva, por lo que se mantendrá en RO/ZA. Es como decir que en los Remakes de Oro y Plata deberían de quitar las habilidades y ataques físicos/especiales porque no estaban implementados en los clásicos...
Además, ya te digo yo que poco vas a traspasar de RO/ZA a X/Y, más bien será al revés.
Aunque vaya, yo creo que te estás confundiendo de siglas y te refieres a Rubí y Zafiro de la era Advance. En cuyo caso, volvemos a lo mismo. El Pokerús se adapta a la nueva generación. En Pokémon X/Y hay un código que dicta el comportamiento del Pokerús. El Pokerús de Advance, al llegar a X/Y, no trae su código particular, se adapta al existente en la nueva versión.
Es como si traes un Latios con Cometa Draco de Blanco y Negro (Potencia 140) a X/Y. Su potencia se convertirá en 130, al contrario de como era en Blanco/Negro.