Todo Pokémon creado con programas externos son ILEGALES, son HACKS. Punto. En X/Y la crianza está en bandeja, muchísimo más fácil que en generaciones anteriores, ya sólo tienes saber currártelo. A no ser que seas un vago.
Si no me acuerdo mal, se hacía dos distinciones al respecto.
Ilegal o legal e ilícito o lícito.
Un Pokémon lícito es aquel obtenido por métodos legales: a través de los juegos o eventos organizados a nivel oficial.
Un Pokémon legal es aquel que pasa los análisis y tiene las mismas características que uno lícito, independientemente de que haya sido creado con un programa externo o no.
Así, un Pokémon podría ser legal e ilícito (un Jirachi de evento pasado por PokéSAV, por ejemplo), o legal y lícito (un Jirachi de evento pasado desde Pokémon Channel), etc.