La parte de noticias está muy vacía, si son tres noticias, las dividiría en tres celdas rectangulares, quitaría los datos de hora y persona que lo escrbió (el día sí, es importante). Luego pondría las recomendaciones de Chrome y la política de cookies más a la izquierda y añadiría un par de espacios más para enlaces de la sección de los últimos juegos y el mapa de la última región. (Hablando de regiones y juegos, la guía de Pokemon oro HG y plata SS está muy desactualizada, y la página principal de pokemon Blanco y Negro también.
Lo de las noticias yo en realidad lo dejaría únicamente con el titular de la última noticia y el inicio del cuerpo de la noticia. Los datos de fecha y autor son necesarios, para reclamar autorías y saber a quién dirigirse como un periódico. Lo dejé así por facilitar el diseño con copypaste.
Las recomendaciones de Chrome y cookies debe ir en el centro por un tema de mejor visualización, ya que no hay otro aviso que salte nada más entrar, y de ir más a la izquierda, interferiría con los menús desplegables. Quizá se pueda mover y poner bajo los accesos a Twitter, FB, G+ y YT. Eso dependerá un poco de Melkor y de si hay alguna norma que rija esas advertencias.
Yo no añadiría ni mapas ni más enlaces a juegos. Todo eso debería estar en el menú desplegable de "Juegos", que debería ir organizado por generaciones (que es lo más sencillo, como has explicado luego), o por juegos, directamente. Cuando sale un juego nuevo, Melkor suele incluir un enlace a su sección de recopilación de datos en la noticia, así que no creo que sea necesario más.
En cuanto al resto de sugerencias:
- Pokédex: El buscador de moves y pokémon (incluido en la esquina superior derecha en mi sugerencia) se vería desde cualquier parte de la web, porque es parte del menú principal. Ya hay una HabilidaDex y una ObjetoDex, que en general están bien organizadas y cuentan con sus propios buscadores rápidos. Lo que hay que revisar son las entradas de la PokéDex, de forma que se pueda acceder a moves por pokémon y stats con más fluidez, y reservar un apartado para estrategia. En mi opinión, lo más efectivo es organizarlo por generaciones, pero antes de plantear un modelo, Melkor debe plantear su idea y sobre todo, lo factible de nuestras sugerencias.
- Regiones: Yo eso lo uniría con las guías de los juegos, no me parece tan relevante para que tengan su propia sección. Y así toda la info está más a mano.
- Mecánica: Lo primero es la tabla de debilidades, que ahora debería estar organizada por generaciones (una para la I, otra apra las II, III, IV y V y una tercera para la VI), bajo un nombre más conciso como dijeron en el primer comentario, algo así como "Tabla de Tipos" o "Tabla de Resistencias". En general es un problema de nomenclaturas (el apartado "Pokémon" debería llamarse "Genética", dado su contenido) y redistribución de enlaces.
- Pokéxperto: Concuerdo totalmente e incluso lo comprimiría más. Quizá dejaría el link de "Contacto" a parte, separado del menú principal, encima de donde he colocado en mi sugerencia los buscadores de Pokes y moves, porque es bastante importante tener un contacto a la vista
Sólo queda que Melor se lea estos tochos y vaya diciendo lo que le parecen todas estas cosas. Y si le resulta de utilidad, puedo hacer más sugerencias de montajes "Fake" de lo que se proponga para que lo visualice.