PokePedia cuenta que existen 7346 sin contar la última expansión (XY - Flashfire), la cual añade como 106. Podríamos decir que hay alrededor de 7452 si PokePedia está en lo correcto.
Por comprar en tiendas, supongo que te refieres a material sellado. El Material sellado que yo he visto que se distribuya actualmente es el relacionado con XY Series y Black&White Series, es decir, las cartas que se permiten en el Formato Modificado o Estándar (el tipo de formato usado en torneos oficiales). También he visto que no es difícil encontrar material restante de HeartGold&SoulSilver.
Luego, el resto de cartas ya es cuestión de investigar por diversas tiendas, buscando cartas sueltas o sobres más antiguos (Pocos sobres encontrarás por debajo de Diamond&Pearl Series). También es buena (o incluso mejor idea) buscar gente que quiera deshacerse de cartas sueltas antiguas, por sitios como eBay.
De todos modos, si lo que te interesa es empezar a jugar y participar en torneos, lo mejor es hacerte con cartas de XY e ir completando con cartas de Black & White - Next Destinies para arriba.