Pues si que parece un caso extraño ^^U
He buscado sobre el tema y la afección parece que se restaura, si el Pokémon vuelve con su Entrenador Original y si va con otro, baja a 0
Y bueno, sí, debe de tener al menos 2 corazones y un movimiento de Hada al subir de nivel, sea del 1 al 2 o del 99 al 100, da igual si de día o de noche, creo que tampoco hace falta nada de Amistad (como evolucionan Espeon y Umbreon), aunque si quizás todo falla y no hay explicación, quizás debas tenerlo en cuenta por si acaso