Yo tengo el mismo "problema". Es cosa de la pila.
1. Si la pila está agotada las bayas no crecen y lo que dice Krub. Solo si la pila se agotó.
2. Es cosa de la pila, debes cambiar la pila, empezar de nuevo no sirve de nada.
Aunque yo no arriesgaría, pero siempre puedes pasar todos tus pokemon valiosos a otro juego y tratar de quitar la pila. Solo lo intenté en el plata.
Consejo: si tienes esmeralda, clona bayas y tampoco creo que necesites muchas bayas en el zafiro, en el esmeralda las de reducir stats son necesarias, pero en zafiro y rubi basta con tener 10 de cada (o menos). No se para que planté tantas bayas que luego no he de usar....(y si se usan , las uso en torre batalla y no se gastan y las únicas que valen la pena son la ziuela, aslac, lichi, yapati, atania y poco más (zonlan, arabol, gonlan, zidra y aricoc suelen ayudar menos, en general).
No se si me dejé alguna importante, las demás suelen ser poca cosa en combates.
Si es por los pokecubos....pues lo ideal es usar lichi, aricoc, gonlan, aslac y yapati si dispones de ellas y jugar entre 4 jugadores en la consola (o con cuatro gameboys si fuera posible, pero no suele valer la pena tampoco, excepto si quieres pokecubos perfeccionistas y no soportas las tiradas random de los jugadores de la consola). Pero no conozco a nadie que quedara para hacer pokecubos por cable, lo ideal es hacerlos en el propio juego con las licuabayas y personajes random de calagua y ya.
Yo ahora estoy con la pila agotada en las 3 ediciones (zafiro, rubí y esmeralda) y no me importa, para lo único que juego es para jugar torre/frente batalla y entrenar. Y no te pierdes nada, créeme.