El Dialga es totalmente legal a mi parecer. Sino recuerdo mal en el evento de HG y SS, en las ruinas donde sucedía el evento pertenecían a la región de Sinnoh, no a la de Johto. Por lo que es normal que esté a lv 2x y te diga que proviene de Sinnoh. Es más, si mirabas el mapa veías que estabas en una zona montañosa. Todo indica a que esa zona montañosa pertenece a la región de Sinnoh y comunica con Johto.
Como han dicho antes, si te han dejado transferirlos es porque están bien y no presentan características imposibles. Veo imposible que te fastidien la partida por usarlos.
Saludos.