Si en una el protagonista se encuentra un cuervo en una cueva y en la otra un ciervo, creo que el resto del argumento se puede juntar
No te lo tomes a mal, pero da la impresion de que no te enteras de las explicaciones de la gente y que no entiendes el significado de secuela.
Aqui el significado de secuela:
Una secuela es cualquier producto cultural producido después de otra obra completa y que se desarrolla en un mismo "universo", pero en un tiempo posterior. Normalmente suele contener elementos de la obra original, como escenarios y personajes aunque esto no siempre es así. Por ejemplo, si un personaje muere en la primera obra, otro (por ejemplo, un hijo o una hermana) puede tomar su lugar.1 La continuación difiere de una serie en donde un mismo personaje aparece en varias historias diferentes, aunque algunas veces esta diferencia es sutil.
Por lo tanto, entendiendo esto, es imposible pensar que puedes sacar una unica secuela donde el hecho más importante de su predecesora, pese a tener un camino identico, difiere algo. No puedes coger y sacar una secuela de dos juegos donde el pokemon del equipo villano, cambia. O continuas de donde cogieron a Xerneas o continuas de donde cogieron a Yveltal. Pero de los dos a la vez es imposible.
Con juegos como Esmeralda y Platino, ese problema no existe, por que te cuentan lo mismo que los dos anteriores. Por eso juntaban la dos historias en una, contando la misma pero con el tercer pokemon. Amarillo y Cristal no los cuento por que no es la misma formula. En amarillo se basan en el anime y en Cristal te meten la subtrama de suicune.