Como ya te han explicado, en las generaciones hasta 3DS puedes intercambiar los Pokémon libremente entre todos los juegos de esa generación. Como X, Y, Rubí Omega y Zafiro Alfa son todos de la sexta generación puedes usar libremente los Pokémon entre todas sus versiones, salvo por exclusivos del remake (megapiedras introducidas en Hoenn, los orbes de Kyogre y Groudon, ataques nuevos del trío del clima y Hoopa, y Pikachu Coqueta). Esto es igual en cualquier otro grupo de juegos de la misma generación, salvo porque Ultrasol y Ultraluna introducen un puñado de especies no usables en Sol y Luna, pero el resto no dan problemas de ida y vuelta. Desde Let's Go esta pseudoregla desaparece y las cosas se complican muchísimo más, pero por suerte para lo que vas a jugar no es algo que te incumba.
Luego fusionaré este tema con el FAQ de sexta generación, que es donde deben ir estas preguntas en primer lugar.