Podrían, pero sería raro cuando en los anteriores juegos ha habido más de una pareja de iniciales. Sería como: "Mira, puedes volver a Kalos con los iniciales que ya conocías y con... los iniciales que te hemos dado en ROZA, para qué engañarnos".
En fin, creo que estamos en el punto más interesante de la generación. GF dijo que quería algo inesperado. Kalos con nuevos Pokémon sería inesperado. Kalos+Hoenn con nuevos Pokémon sería inesperado. Fin de generación a lo Kanto-Johto sería totalmente inesperado.
Definitivamente no sabemos qué camino pueden tomar a partir de ahora.
A ver, como ya dije ya como 3 veces en la Pokédex de X de Zygarde dice:
Cuando el ECOSISTEMA de Kalos está en peligro, Zygarde aparece y muestra su verdadero poder
Que yo sepa, los que alteran el ecosistema son Groudon y Kyogre, los cuales acabarán en Kalos mediante los portales dimensionales de Hoopa (y los de Kalos acabarán en Hoenn)
Ahí tienes tu unión con ambas regiones
(Según Tsuruko, esto no sería posible por limitaciones técnicas, pero vamos, si pone 'cargando' cada vez que vayamos de una región a otras, no pasaría nada) XD
Lógicamente ya el Frente de Batalla construido con novedades y los Concursos sería cosa de Hoenn y cambiarte de ropa en Kalos
(Además de nuevas formas y Megas)