Emperador Digimon utiliza torres y anillos negros para controlar a los Digimon. A la vez que los niños van destruyendo estos mecanismos van encontrando sus Digieggs (son los sustituyentes de los emblemas). Poco a poco descubren más cosas sobre su enemigo, como que es un niño prodigio de su ciudad y que se llama Ken. Cuando consiguen derrotarle, Ken es liberado de una semilla de oscuridad que le habían implantado y, más tarde, se termina uniendo al grupo como el sexto niño elegido y encuentra el Digiegg de la amabilidad. Su compañero es Wormmon
Aún hay torres oscuras que siguen funcionando, así que los niños viajan constantemente al Digimundo para seguir investigando quién las controla realmente, ya que Ken está con ellos. Descubren que hay dos Digimon con apariencia humana, Arukenimon y Mummymon, que utilizan unas agujas de control y pelo de Arukenimon para crear Digimon malignos que son controlados con las torres. Conforme más agujas y pelo se utilicen, más fuerte es el Digimon.
Después de que los niños hubieran frustado sus planes varias veces, deciden hacer Digimon malignos mucho más fuertes, lo que desencadena dos sucesos. En primer lugar, los Digimon de los Niños Elegidos necesitan hacerse cada vez más fuertes y desarrollan la ADN Digievolución, en la cual se fusionan dos Digimon. En segundo lugar, Arukenimon y Mummymon utilizan todas la sagujas posibles para crear a un Digimon: Blackwargreymon.
Este es el Digimon oscuro de la última digievolución de Agumon, el compañero de Tai.
Pero este Digimon cuenta con un poder sorprendente, puede pensar y sentir, a diferencia de todos los anteriormente creados, que solo estaban hechos para luchar. La misión que le encargan es derrotar a los Niños Elegidos y destruir las Rocas Sagradas, que protegen el Digimundo y mantienen sellados los portales hacia el otro mundo.
Los niños no consiguen evitar la destrucción de las piedras y por todo el mundo real empiezan a aparecer Digimon, así que los niños empiezan a recorrer el mundo real devolviéndo a estos Digimon al Digimundo. Mientras los niños están concentrados en esto, Arukenimon y Mummymon llegan al mundo real para reunirse con su jefe, Oikawa. Poco antes de esto, Blackwargreymon les ha traicionado para buscar un sentido a su existencia.
Oikawa descubrió la existencia del Digimundo y siempre quiso ir, pero al no ser uno de los Niños Elegidos, no podía. Presenció la batalla contra Myotismon, y el espíritu de este, cuando lo habían derrotado y estaba desvaneciéndose, le dijo que le llevaría al Digimundo si le dejaba poseerlo. Oikawa aceptó. Adquirió el poder de crear Digimon y usarlos para alcanzar su objetivo, pero el hecho de que sus creaciones pudieran viajar al Digimundo le frustaba aún más. Por eso, terminó desarrollando las semillas de oscuridad y le implantó la primera a Ken, para hacer una prueba, convirtiéndolo en Emperador Digimon. Tras ver que los niños habían liberado a Ken y sus secuaces, Arukenimon y Mummymon, no podían con ellos decide implantar más semillas oscuras a otros niños y llevarlos al Digimundo a través de uno de los portales abiertos.
Los Niños Elegidos ya han acabado con todos los Digimon que se habían colado y se disponen a parar a Oikawa, pero entonces hace su aparición Demon, un Digimon oscuro que ha seguido a Oikawa y quiere usar las semillas oscuras con otros objetivos. Los niños se entretienen batallando y cuando terminan con Demon, Oikawa ha escapado con los otros niños y se dispone a atravesar el portal. Pero justo en ese momento, reaparece Balckwargreymon. Está convencido de haber encontrado su motivo de existencia y decide sellar el portal hacia el Digimundo. Para ello, necesita utilizar toda su energía, hasta su último aliento.
Pero Oikawa está decidido a alcanzar su objetivo, y al intentar atravesar el portal acaban todos en otra dimensión. Esa dimensión parece estar entre el mundo real y el Digimundo, además, algo raro ocurre en esa dimensión, parece que ahí se pueden cumplir todos los deseos. Entonces, Myotismon aprovecha para absorver el poder de las semillas de oscuridad que ya han germinado en los niños y sale de Oikawa evolucionando a Malomyotismon. Con un poder superior al que tenía la última vez, acaba brutalmente con Arukenimon y Mummymon. Los Niños Elegidos deciden utilizar el poder de esa dimensión para acabar con él para siempre: desean que Malomyotismon sea derrotado.
Pero este ha ido absorviendo el poder de la oscuridad y aumentando de tamaño. Termina destruyendo esa dimensión y llegan todos al Digimundo, donde sigue absorviendo oscuridad, y destruyendo al mismo tiempo ese mundo. Cuando parece que todo está perdido, el deseo de los Niños Elegidos se cumple: aparecen todos los Niños Elegidos de todo el mundo con sus compañeros Digimon y gracias al poder de los Digivices, consiguen derrotar a Malomyotismon.
Entonces Oikawa puede contemplar por primera vez el Digimundo, pero está triste por haber causado todo lo que ha pasado y que el Digimundo haya sido destruido casi por completo. Por eso, decide sacrificarse y con la energía que emana de su cuerpo, regenerar el Digimundo. Así se convierte en mariposas que siempre permanecerán en el Digimundo.
Los Niños Elegidos han conseguido la paz en los dos mundos y regresan a casa con sus Digimon. Como las Rocas Sagradas fueron destruidas y luego los portales volvieron a ser sellados, ahora la única manera de ir de un mundo a otro es utilizando los Digivices.
En el epílogo, se narra lo que pasó con los Niños Elegidos después de 25 años: Tai se hace diplomático y trabaja como nexo entre el mundo real y el Digimundo junto a Agumon; Matt se casa con Sora, él se convierte en la primera persona en pisar Marte con Gabumon, y ella se convierte en una famosa diseñadora de moda junto a Piyomon; Izzy trabaja como investigador del Digimundo con ayuda de Tentomon; Mimi y Palmon son cocineras y tienen un programa de televisión; Joe se convierte en el primer médico del mundo Digital y Gomamon es su ayudante; T.K. y Kari se casan, él se convierte en un famoso escritor narrando sus aventuras en el Digimundo, y ella es profesora en un jardín de infancia; Davis monta una línea de fideos japoneses en EE.UU; Cody se convierte en abogado; Yolei y Ken se casan, él se hace policía, y ella es ama de casa.