Son géneros bastante diferentes.
El Bravely es un RPG de corte muy clásico, al estilo de los FF de SNES o anteriores. La duración es buena, pero tampoco lo veo TAN largo como se dice por aquí. Yo en 50 horas me lo había sacado el True Ending ( Dificultad normal), con todas las sides hechas, en 60 que llevo ahora tengo casi todos los trabajos maxeados en todos los personajes, y sin esforzarme demasiado tengo al menos un 65% completo en todos los apartados, exceptuando combinaciones de un par de jobs.
¿Sus principales contras? La exploración es prácticamente nula, no te esperes un super mapamundi por el que perderte porque vas a estar muy limitado en ese sentido. Y la total ausencia de puzzles en mazmorras. Por ponerte un ejemplo, nombras el Golden Sun, un juego que tiene unos puzzles muy bien hechos y con un mínimo de reto en las mazmorras. En Bravely no vas a ver eso. Las mazmorras son infinitamente simples, y los puzzles destacan por su ausnecia, o en el mejor de los casos, excesiva simpleza. Además de esto, súmale que en algunos puntos de la historia puede llegar a hacerse jodidamente repetitivo, por unas cuantas razones que no nombraré debido a spoilers y destripes varios.
Aún con todo esto, la jugbailidad en los combates es exquisitos, con una dinámica Brave-Default que está muy bien implementada y da muchas más posibilidades al clásico rpg por turnos. El sistema de jobs está muy currado, y da para muchas estrategias. En algún punto del juego incluso llegarás a tener ganas de levear solo por ver como se desarrollan los trabajos. A esto añadir que aunque la historia llega a hacerse repetitiva, en los últimos compases del juego resurge y se recupera estupendamente, por lo que no decepciona.
El Fire Emblem es un RPG, sí, pero está basado en una jugabilidad completamente diferente, con un sistema de combate basado en un tablero en el que se desarrollan batallas por turno. Lo más parecido entre ambos juegos es que en este FE puedes cambiar de clase constantemente para adquirir nuevas habilidades, por lo que podrías sacar un paralelismo clases-jobs.
La duración si solo vas a por el modo historia va a ser mucho más corta que el Bravely, ahora, si vas a por el 100%, puede darte incluso más horas que el primero, si bien será fundamentalmente por los apoyos. Evidentemente, es mucho más aburrido sacarte infinitos apoyos que ir a por el 100% en Bravely, donde tendrás diversos objetivos.
La mayor contra que veo en Fire Emblem es la historia. Sí, es una buena historia, nada desdeñable... pero se queda corta. Especialmente si la comparas con la historia de otros FE, como las grandiosas entregas de GC y Wii, e incluso con BS. Tiene grandes giros y muy buenos momentos, pero myu mal llevados. Tiene cosas con las que podria explotarte la cabeza, pero las cuenta de una forma en la que hace que pierdan mucho valor.
La dificultad en FE (si la ajustas) es mucho mayor que la de BD, por si te interesa el dato.
Respecto a cual escoger... yo me basaría únicamente en que sistema de juego te gusta más: si los turnos clásicos, o las batallas tipo tablero. Me parece el mejor modo de decidirse, más allá de la duración, la historia, o cualquier otro factor que haya nombrado.