Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Capítulo 3: Buscando a Cobalion: Tras vuestra derrota Cobalion os lanza de un golpe y acabáis llegando a la Aldea del Oeste, donde un Zorua os informa de que se ha visto a Cobalion en la Montańa Fuego. Con la ayuda de diversos Pokémon, te abres paso por la montańa derrotando a los secuaces de Cobalion en las distintas fortalezas de Llanura Asolada, Pie del Volcán y Montańa Ígnea.
Al llegar al Pie del Volcán, Zorua te muestra a la banda de Pokémon que lleva las Gotas de Luz. De repente, un grupo de Pokémon oxidados ataca a estos Pokémon y quema las Gotas de Luz. Zorua comenta que se trata del Ejército Óxido, que se ha encerrado en el fortín final de la zona. Al llegar a la última fortaleza de la Montańa Ígnea, Zorua os informa que está del lado de Cobalion y os ataca con la ayuda de Zoroark.
