Al contrario que se predecesor Pokémon Rumble, Super Pokémon Rumble cuenta con una historia que se compone de 5 capítulos a través de los cuales irás conociendo las distintas zonas de juego y modos de combate. A continuación tienes un resumen de la historia, con las escenas de vídeo más importantes (gracias a Giancarlo por los vídeos, aquí tienes todos).
Introducción: El juego comienza con una batalla entre Reshiram y Zekrom en el Battle Royale, para luego dar paso al Mii del jugador. El Mii se encuentra en la Tienda, donde activa al juguete de Pikachu con la ayuda de la Llave Asombrosa. Con su ayuda visitas el Parque Inicial, donde te enfrentas a los Pokémon iniciales de Teselia y a sus amigos Pansage, Pansear y Panpour. Tras derrotarlos, podrás capturar los juguetes de Snivy, Tepig y Oshawott antes de enfrentarte al jefe final: Zekrom. No puedes ganar la batalla y tus juguetes caen al vacío. Entonces verás en una escena cómo Cobalion da un discurso en la Aldea de los Juguetes en el que explica que las Gotas de Luz eliminan el óxido de los materiales y lo demuestra ante la multitud. Su objetivo es reunir tantas Gotas de Luz como sea posible.
