Como te han dicho, aún no se sabe nada, pero probablemente sea a través del Banco. A tu Banco solo puedes acceder con tu Nintendo ID, con lo cual aunque vendas tu cartucho del Luna sin borrar partida, el que lo compre no podrá acceder a tus Pokémon en la nube. Ahora bien, con tu consola sí puesto que tendrás los datos de tu ID guardados. Puedes subir tus Pokémon al Banco, formatear 3DS y Luna, vender ambos y ya para cuando salgan los nuevos juegos iniciar sesión en el Banco en Switch y acceder a tus Pokémon en la nueva generación. Sin embargo, lo que yo haría sería esperarme a tener los Pokémon a buen recaudo en el juego de 8a gen antes de formatear y vender la 3DS y el Luna, así si hubiera cualquier error (olvidas alguna contraseña, al Banco le da un chungo, yo que se) puedes recuperarlos de forma más segura en el Luna y volver a empezar.