No había visto tu tema. ¿Ya arreglaste el problema? De todos modos quería preguntar si revisaste en las carpetas, si es que además te creó un POKEMON_FIRE_BPRE01.gba ya que dices que al insertar el cartucho te lo detecta como tal. No sé mucho de GBA Backup Tool, pero tengo entendido que al copiar el *.sav del cartucho a la carpeta también te genera un *.gba que se corresponde a la rom asociada a dicho *.sav.
Insisto en que no sé de esta herramienta más que lo que he leído, pero según veo el problema es una de dos: uno, que parece que le diste copiar nuevamente sin haber restaurado previamente el backup que extrajiste como 00 (porque imagino que al restaurar un backup una vez manipulado este se borra de la carpeta del GBT) y por eso te generó otro sav y, por ende, otra rom con extensión 01 que debiera estar en alguna carpeta,... o dos, que presionaste nuevamente el botón para generar una rom (porque según sé, el programa te da esa opción) y como no puede sobreescribir la rom previa entonces generó una nueva con extensión 01, entonces los *.sav que generas a continuación quedan asociados a esa nueva rom. En cualquiera sea el caso, creo que debiera haber una rom (en realidad 2) en alguna carpeta del GBT que esté generando el conflicto. Ahora, de existir, no sé si bastará con borrarla así como así.