Yo soy casi más fan de Fire Emblem que de pokemon, he jugado casi todos sus juegos, y creo que los mejores son los de GBA (FE 6 Sword of Seals, FE 7 Blazing Sword y mi preferido FE8 Sacred Stones).
SI lo que quieres es un FE para 3ds, te recomendaría el FE 13 o FE Awakening, para mí el mejor (aun me estoy pasando FE Echoes, Shadows of Valentia, ha salido relativamente hace poco). FE Fates está muy bien pero me desilusionó un poco (mucho fanservice, historia algo aburrida, repiten personajes de FE Awakening prácticamente iguales...). Pero cada uno tiene sus gustos y respeto la opinión de al que le guste por supuesto.
Pero lo dicho: te recomiendo FIRE EMBLEM 6, 7, 8. En especial SACRED STONES. Aunque sean para GBA (hay muchos emuladores para móbiles como MyBoy) son los mejores de la saga, y los mejores para iniciarse. Y si quieres para la 3DS, FE Awakening es lo que te recomiendo por ahora. Tiene una historia y persoajes muy interesantes.