Bueno, se sabe que Sol y Luna funcionarán en TODOS los Modelos de 3DS
Cabe la pequeña posibilidad, que los Modelos New tengan alguna ventaja no anunciada con respecto a las versiones Old, como por ejemplo, menos/sin ralentizaciones o ligeras mejoras gráficas
O no serlo y ser idénticas, no sabría decirte aún, pero si quieres jugar a 'todo el catalogo' de la consola, la New es la mejor opción (no, BW2 no fueron exclusivos de DSi)