GTS, esa es la clave.
Yo completé la pokedex a través de ello y de Intercambios prodigiosos.
Ejemplo: Quiero un Caterpie, pokémon muy común en X e Y, pues pongo en la GTS a un pokémon que no aparezca en esos juegos para pedir al Caterpie, o tiro de los iniciales, que siempre están codiciados, haces 5 huevos de los más raros y vas pidiendo... lo mismo con los que evolucionan por intercambio, ¿quieres un Machamp?, pues pon en la GTS un Haunter pidiendo un Machoke y listo.
La pokedex es sumamente fácil de llenar, lo más costoso pueden ser los legendarios, pero al fin y al cabo, todo es cuestión de dedicar tiempo.