Obviamente tienen contratiempos, pero estas cosas, como la planificacion de los juegos siguientes, las llevan con mucha antelacion. Normalmente son proyectos de varios años, y seguramente antes de que salieran X/Y ya tenian cosas en marcha para Sol/Luna. Con una nueva generacion en medio es mas dificil que los siguientes juegos vuelvan a ser de Kalos, pero se han visto juegos en medio de terceras sagas, como RFVH antes del Esmeralda o HGSS antes del Platino, aunque ya se que son remakes.
Yo creo que es totalmente intencionado, porque recordemos que tenian una buena oportunidad de juntar algo asi como Esmeralda Delta y Z en una sola version o cualquier cosa con los dos legendarios verdes y sus nuevas formas, pero decidieron poner el episodio delta y hacer una nueva generacion, y yo creo que esto viene desde Platino, que no estuvo mal pero tenia poco que destacar de DP, aunque en BN2 la verdad es que si que hay algo de cambio mas notable y se disfruta, pero mas de dos juegos para una generacion se hace pesado.
En resumen, no creo que hayan cancelado nada ni hayan improvisado, sino que lo querian exactamente asi. Quien vea el anime sabra que los misterios de Zygarde estan a punto de conocerse, asi como dentro de nada sera la pelicula de Magearna, y justo antes revelan detalles de ambos... Que no estan tan locos hombre, saben lo que hacen.
