Yo creo que la idea debería ser que la "Syncro Mega" sea la versión real de las Megas, es decir, la piedra lo que hace es forzar la evolución potenciando artificialmente al Pokémon, originando a veces cambios drásticos en este, dándole una fuerza que el Pokémon puede desarrollar por si solo al sincronizarse con su entrenador. Por lo poco que puedo teorizar con la info que hay, vendría a ser: Megapiedra=SkullGreymon, SincroMega=MetalGreymon ¿Se entiende no?
Por lo que los Pokémon que han tenido dos megas en esta gen podrían pasar a ser una de ellas Mega y la otra SincroMega.
En el anime vemos que crean una Megapiedra para Charizard y casualmente se transforma en el Dragón, la que más se diferencia de este, no habiendo aparecido aún el MegaCharizard Y (que podríamos considerar la Sincro).
El Mewtwo que aparece en la peli, no megaevoluciona con piedra (como el Greninja de Ash, que podríamos considerar SincroMega) en cambio el de Pokken tiene incrustado una piedra en él y evoluciona a la forma lucha (la que diríamos que es la más antinatural).
Respecto a lo del 5° ataque no creo que sea así, si no un ataque que al utilizar la SincroMega se transforma en otro, fin.
Eso es lo que pienso yo de donde pueden ir los tiros con la nueva forma de Mega.