Tienen por un lado la mitología nórdica de Yggdrassil (o como se escriba), el árbol donde vive un águila ciega de tres garras (Yveltal, a los ciegos se les suele representar con ojos azules; además, no tiene pupilas), cuatro ciervos (Xerneas, los colores de sus cuernos son los 4 colores de los ciervos), una serpiente maligna atrapada bajo las raíces del árbol (Zygarde). Curiosamente, la serpiente es uno de los tres hijos de Loki, y la forma 10% y 100% se asemejan a los otros dos hijos, Hela y Cerbera.
Pero por otro lado tienen otro "origen". XY son los primeros juegos en tres dimensiones. Los legendarios representan los ejes X, Y y Z. De hecho, si miras a Xerneas en la Pokedex desde enfrente (eje X) , la forma hará una X; mirar a Yveltal desde arriba (eje Y) tendrá forma de Y, y lo mismo con Zygarde 50% si le miras de lado (eje Z).
No es la primera vez que relacionan a los legendarios con las novedades de la generación. En Segunda generación, primeros juegos en color, Lugia representa la luz blanca, Ho-oh la luz blanca dispersa (es decir, el arco iris, los colores) y Suicune es el cristal que dispersa la luz (de ahí el nombre de "Pokemon Cristal").
No soy mucho de teorizar, pero en este caso me parece demasiado claro que hicieron esto intencionadamente. Y N es un Zoroark.