Lo cierto es que la segunda propuesta no se me había ocurrido.
Tengo claro que cuando Zygarde usa Mil Temblores, los bichillos interiores se liberan y atacan.
Cuando usa Mil Flechas, como expones, se formaría un círculo y en él se amontonaría toda la energía posible. Solo faltaría saber cómo Zygarde alcanza la unificación completa.
Ahora, puede que así el bichillo no fuese un Pokémon y solo formase parte del ataque, pero nada está claro aún.