No soy un experto, pero en palabras de alguien que sí lo es:
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la masa base de los muffins se prepara rápidamente, mezclando poco los ingredientes y sin batir, mientra que la de los cupcakes se bate para que entre aire y suba más. Además, los muffins o bien son salados, con lo que no llevan azúcar, o llevan azúcar en poca cantidad, mientras que los cupcakes son decididamente dulces. Y la diferencia que más salta a la vista: los muffins no llevan cobertura (en todo caso se les espolvorea azúcar glass, canela...) y los cupcakes se presentan cubiertos con cremas, merengues, nata... "
Fuente: De mayor quiero ser pastelera
Por cierto, en ese mismo sitio ayer demostraron que Pokémon∩Cupcakes es una intersección no vacía: