Creo que llegados a este punto del tema poco puedo añadir. Estoy totalmente de acuerdo con Chinpo.
Las magdalenas y los muffins tienen sus diferencias, por lo que evidentemente es lógico emplear palabras diferentes para distinguirlos. Y el que diga que son lo mismo, es que se quiere engañar a sí mismo.
Entiendo que haya gente a la que no le guste que se utilicen palabras prestadas de otros idiomas para referirnos a algunas cosas. Pero es que a veces no tenemos ni traducción ni ningún término aceptado como equivalente, ni nada de nada. Entonces no te queda más remedio que utilizar la palabra muffin (o la que sea, en cada caso). Y si no quieres utilizar palabras como muffin, crêpe, covrigi, focaccia, etc. pues no las utilices, pero lo que no se puede hacer es llamar a las cosas por un nombre que no les corresponde.