Yo prefiero la opción 3, aun así, yo las cajas las tengo de esta forma:
6 Cajas llamadas "EQUIPOS", donde meto todos los pokemon que tengo competitivos con Ivs y Evs perfectos para salir a luchar.
Esos pokemon los he ordenado por numero de Pokedex, en plan así:
Venusaur(mega def fisica), Venusaur,(mega tank ofensivo) Blastoise, Charizard(X), Charizard(Y), Beedrill,
Pidgeot, Raichu, Nidoqueen, Nidoking y etc. En esas caja no meto los legendarios competitivos ni cosas como Butterfree, Dustox, y muchisimos pokemon que no tengo competitivos. El problema de esto, es que si luego entreno un pokemon nuevo, tengo que mover todo de nuevo en esas cajas para meterlo ordenado de forma numerica. Pero como hace tiempo que no juego y que no he sacado mas pokes de crianza, pues ya lo dejo así.
En la caja siguiente meto algunos pokemon que quedaron pendientes de criar.
Despues 2 cajas llamadas LEGEND COMPET donde meto los legendarios con buenos ivs y ya entrenados en Evs, algunos son de gen anterior.
Despues de eso tengo 6 cajas en las que meto todos los pokemon con habilidad oculta con buenos/malos ivs y/o egg moves. Y en la ultima caja de esas 6 tengo unos pocos legendarios con la oculta que tienen ivs y naturaleza malas.
Tambien tengo otras 6 cajas llenas en las que hay pokemon randoms que haya atrapado o haya conseguido por intercambio o que me sobren de crianza y no me sirven.
En la caja siguiente tengo unos pocos pokemon ordenados por columna para saber con que evs debe entrenarse (PS, ATK, DEF, SATK, SDEF, VEL)
En otra caja tengo pokes que he usado ingame en X y RO, unos legendarios inutiles de otros juegos (kyogre firme xd), y pokes con buena naturaleza pero ivs no del todo buenos, que ya fueron sustituidos por otro pokemon de su especie en la caja de EQUIPOS.
Por ultimo tengo 3 cajas de pokes de evento. Otras 3 cajas de Pokemon shinys. Una caja de Coleccion con todos los Vivillons, un Pikachu coqueta y otros pocos legendarios ingame de juegos anteriores que no sé donde meterlos. Y por ultimo una caja llamada UTILIDADES en la que están los pokemon Sincronia buenas naturalezas, los 6 pokemon con Recogida, el Tropius de dulce aroma para hordas, el Masquerain con mote "NO SORRY" para decir que NO a intercambios randoms, el Talonflame con Cuerpo Llama para los huevos, casi 10 dittos para crianza, Pichu de Zafiro viejo para usarlo en concursos, el Smeargle con Paga Extra y unos pocos pokemon ingame de la misma edición que Pichu.