Hace mucho tiempo que yo mismo me plantee estas preguntas.
Hay indicios que demuestran que los humanos comieron Pokémon en el pasado. La prueba más fehaciente de este hecho, junto con la imagen del sushi-Magikarp de arriba, es un apunte que hacen en el anime sobre Farfetch'd: están casi extintos porque las personas los cazaron para comérselos (puerro incluido). A nadie le pasará por alto tampoco lo que hacían los Rockets en el Pozo Slowpoke: cortar las colas de estos Pokémon para venderlas como alimento.
No sólo esto: los Pokémon comen Pokémon. Pidgeot pesca Magikarps, y Pokémon como Victreebell se alimentan de Pokémon de tipo Bicho; Heatmor se alimenta de Durants; Ekans se zampa los huevos de Pidgey y Spearow; Taillow caza a los Wrumple; y la cosa es un suma y sigue.
De todas formas, hay animales. La Pokédex de Venonat dice que se alimenta de insectos, no de Pokémon. La descripción de Raichu habla de elefantes indios. Y en el juego de cartas de Pokémon podemos observar esto: una rana normal al lado de un Oddish.
Mi teoría es que los Pokémon son versiones evolucionadas de animales menos complejos, que se quedaron atrás por culpa del darwinismo, pero que existir, aún hoy existen. De todas formas, la decisión de no comerse a un Pokémon es meramente ética, como se ha visto.