Kyogre tiene forma primigenia porque la composición del océano primitivo es distinta a la actual (conocido como ''sopa primitiva/primigenia'')
La composición de la corteza terrestre también era diferente debido a las continuas erupciones, por eso tiene Groudon dicha forma.
Y como la composición de la atmósfera también ha ido cambiando a lo largo de los años (siendo antes reductora y actualmente oxidante), también existirá Rayquaza Primigenio.
Esta es la explicación que le doy a las Formas Primigenias, así como teoría.
No hace falta inventársela, están en la página oficial.
Las formas primigenias son el resultado del estado que presentaban los Pokémon hace varios miles de años, cuando la naturaleza afloraba en cada esquina y estas criaturas luchaban por quedarse con el poder que emanaba de ella.