Creo que la teoría de J se puede cumplir para las secuelas, pero yo tampoco descartaría que esos huecos sean las Megaevoluciones. Explico:
Ya sé que las Megas no tienen apartado en la pokédex y todo esto, pero lo que tenemos aquí no es una pokédex, es un código. Y no sabemos si el código hace un nuevo apartado o no. Como no son formas, pokes como Wormadam no tienen sitios extra en la dex, pero quizá Mega Mawile sí.
Por lo tanto, no descartaría que dichos huecos sean las Megas de XY, ROZA y secuelas (restad y igual tenéis el numero de Megas de las secuelas). No sabemos a ciencia cierta como trata GF los códigos de las Megas, porque quizás lo tratan como pokes diferentes a causa de las Megapiedras (no es lo mismo el proceso de la Griseosfera que de la Gardevoirita).
Si además ROZA va a ser compatible con las secuelas, pues equilikua, ahí lo tenemos.
PD: Repito, lo que tenemos no es una pokédex, es un código, que no es igual.