Que yo sepa, usando la enciclopedia esa de 3ra gen, si puedes encontrar una relacion PID-IV. O al menos cuando yo pasaba cualquiera de mis Pokes RNGeados en dicha generacion a mi pc y los analizaba me marcaban legales (en realidad no modifcaba casi nada, no soy de ese tipo de jugadores, sino que en el caso de FR/LG que el Pokemon legendario te salga shiny y con IVs altos es practicamente imposible, aun con RNG, por eso iba a la enciclopedia para editarle el ID/SID para la obtencion legal shiny y luego si no me salieron bien los IVs, la edicion de IVs pero que coincida con el PID).
Pero esos Pokemon no los has generado con la enciclopedia, lo has hecho con el juego.
La enciclopedia comprueba si un Pokemon tiene una relacion PID-IV legal, pero no crea relaciones. Si modificas los IV manteniendo el PID la relacion ya no es legal,, y la enciclopedia no es capaz de calcular PID a partir del IV, y si cambias algo que haga cambiar el PID se genera uno al azar, sin tener en cuenta los IV.
En definitiva si obtienes unos IV y un PID que sean legales el progtama es capaz de detectarlo, i los tocas con el programa el programa tambien detecta que ya no son legales pero no puede generar un valor a partir del otro para que sean legales
Y en cuanto al Shiny lo mismo, si obtienes shiny con el programa generan do un nuevo PID al azar la relacion PID-IV deja de ser legal porque no tiene en cuenta los IV, pero si en cambio tocas el ID y SID de entrenador para obtener un Shony si es legal porque ni los IV ni el PID lo has cambiado, que es lo unico que afecta a la legalidad en ese punto