Exacto, Yeti, escojes una u otra dependiendo del equipo del rival. La clave es llevar dos megas que funcionen bien contra diferentes equipos, para sacar una u otra según las circunstancias, y que tus otros 4 Pokémon puedan compenetrarse bien con cualquiera de las dos. Por ejemplo, el Mega Venusaur de DaFlo es muy útil contra equipos de lluvia, contra los que Mega Charizard X tiene poco que hacer. Además en este caso concreto está el hecho de no saber con seguridad si es Charizard Y + un Venusaur sweeper de sol, o Mega Charizard X con Mega Venusaur, aunque mirando al resto de compañeros de equipo puedes deducirlo más o menos, en general (aunque el de DaFlo bien podría ser cualquiera de los dos, hizo un gran equipo en mi opinión).
La principal ventaja de la doble mega es que tu rival, en muchas ocasiones, no sabrá con qué vas a salirle (otras veces sí, como el caso anterior de la lluvia, donde está claro que no vas a sacarle a Charizard X), y que te permite en principio estar más preparado contra una mayor variedad de equipos. Pero también tiene sus desventajas, como el hecho de estar más limitado a la hora de elegir compañeros de equipo (tienen que cubrirse y funcionar bien con los 2 Mega Pokémon, y por tanto es más difícil tenerlo todo cubierto, y estás más limitado en cuanto a opciones).