Ah, eso es normal. Lo raro es que no te haya pasado mucho antes.
Rubi, Zafiro y Esmeralda tienen una pila interna para gestionar el reloj del juego y con el paso del tiempo se agota. Pocos serán los cartuchos ya sin pila agotada.
Se puede seguir jugando, como dice la pantalla de texto, pero las bayas no crecerán ni los personajes que dan cosas 1 vez al día darán algo o pasarán eventos en la televisión. Será como si fuera el mismo día infinitamente. Si no te importa eso, puedes seguir jugando igual. (Si te llegara a interesar RNG, es buenísimo tener la pila agotada)
En los juegos de DS que yo sepa no pasa eso porque no tienen pila interna. Usan el reloj de la DS.
También puede ser que el cartucho haya recibido un golpe fuerte o algo, pero a estas alturas es muchísimo más probable la primera opción.