En efecto me esperaba que estás formas fueran permanentes como la de Giratina, (aunque siempre ne temí que fuera algo así) pero en fin que se le va a hacer, quizás estás "Megas" no necesiten un Mega-objeto ni una Mega-Piedra como tal, si no que puede que esta Mega-Evolución (Formas Primigenias) sólo necesiten un objeto, por ejemplo, Groudon equipado con la Esfera Roja en combate en el menú donde están los ataques en lugar de poner "Megaevolucion", pondrá otra cosa y tras eso saldrá un diálogo en el que diga algo como; "La Esfera Roja está reaccionando ante Groudon"
Hay una teoría donde dicen que la diferencia de los team entre RO y ZA, es que en ZA, por ejemplo lucharás más veces con el Team Aqua y alguna vez con el Team Magma y al revés en RO. Y entonces, uniendo tu teoría podría ser así:
En ZA (Por poner un juego) lucharías de forma principal con Team Aqua donde capturas a Kyogre y demás, pero para obtener la Esfera de Kyogre, en el postgame deberías luchas contra el Team Magma. (Ya que las esferas se intercambian y todo eso que ya sabéis y pasa en los juegos originales)